Sau sự kiện trạm cảnh sát, quân đội Miến Điện đã bắt đầu một chiến dịch đàn áp lớn trong các làng mạc phía bắc của bang Rakhine. Trong cuộc hành quân khởi đầu, hàng chục người đã thiệt mạng và nhiều người đã bị bắt giữ.[9] Số thương vong đã gia tăng theo diễn tiến của cuộc đàn áp. Những vụ bắt giữ tùy tiện, hạ thủ, hiếp dâm tàn bạo nhắm vào dân thường, và cướp bóc đã được thực hiện.[2][10][11] Theo báo cáo của giới truyền thông, hàng trăm người Rohingya đã bị giết tính đến tháng 12 năm 2016, và nhiều người đã chạy trốn khỏi Myanmar với tư cách tị nạn để tìm nơi trú ẩn trong các khu vực lân cận của Bangladesh.[3][6][9][12][13]Cuối tháng Mười một, Tổ chức Theo dõi Nhân quyền HRW công bố hình ảnh vệ tinh cho thấy rằng có khoảng 1250 ngôi nhà của người Rohingya trong năm ngôi làng đã bị thiêu rụi bởi các lực lượng an ninh.[3][11] Các phương tiện truyền thông và các tổ chức nhân quyền thường xuyên báo cáo các hành vi xâm phạm nhân quyền nghiêm trọng của quân đội Myanmar.[6][10][13] Trong một biến cố vào tháng Mười Một, quân đội Myanmar đã sử dụng máy bay trực thăng để bắn giết dân làng. Tính đến tháng 11 năm 2016, Myanmar vẫn chưa cho phép các giới truyền thông và các tổ chức nhân quyền vào những khu vực bị đàn áp.[6] Do đó, các con số chính xác về thương vong dân sự vẫn chưa được rõ. Bang Rakhine đã được gọi là một "hố đen về thông tin".[11]

Những người đã chạy trốn khỏi Myanmar để thoát cuộc đàn áp đã báo cáo rằng phụ nữ bị hiếp dâm, nam giới bị giết chết, nhà nhà bị đốt phá, và trẻ em bị ném vào các ngôi nhà đang bốc cháy.[14][15][16] Thuyền bè chở người tị nạn Rohingya trên sông Naf thường bị bắn hạ bởi quân đội Myanmar.

Ngày 03 tháng 2 năm 2017, Văn phòng Cao ủy Liên Hiệp Quốc về Nhân quyền công bố một báo cáo dựa trên các cuộc phỏng vấn với hơn 200 người tị nạn Rohingya, trong đó nói rằng các ngược đãi bao gồm hiếp dâm tập thể, giết người hàng loạt, và thảm sát trẻ em.[17][18][19] Gần một nửa số người được phỏng vấn nói rằng các thành viên gia đình của họ đã bị giết hại.[17] Một nửa số phụ nữ được phỏng vấn nói rằng họ đã bị cưỡng hiếp hoặc tấn công tình dục: báo cáo mô tả bạo hành tình dục là "quy mô và có hệ thống".[18] Quân đội và cảnh sát tuyên bố đã đốt cháy "nhà cửa, trường học, chợ búa, cửa hàng và đền thờ Hồi giáo" thuộc sở hữu hoặc được sử dụng bởi những người Rohingya.[17]